O pato-mergulhão é extremamente sensível à degradação e perda de seu ambiente natural. Por isso é considerado um bom indicador da qualidade dos ambientes aquáticos.
Dentre as maiores ameaças a esta espécie estão:
- a destruição de matas ciliares e consequente perda de árvores de maior porte, e a degradação das margens e dos leitos dos cursos d’água
- o uso de pesticidas nas pastagens e lavouras que são carregados para os cursos d’água
- a mineração, que impacta diretamente os cursos d’água e, consequentemente, sua fauna associada
- a construção de barragens, as quais modificam profundamente os ambientes aquáticos
- as atividades esportivas mal planejadas realizadas ao longo dos cursos d´água
