O Programa de Monitoramento da Biodiversidade em UCs realizado em ambientes florestais nos biomas Mata Atlântica, Cerrado e Amazônia selecionou aves e mamíferos como indicadores biológicos para o módulo básico do monitoramento, em função de representarem outros grupos de espécies, da boa resposta a gradientes de impactos, incluindo mudanças climáticas e, da contribuição para obtenção de informações confiáveis e de baixo esforço e custo.

Para auxiliar na amostragem desses grupos foram elaborados guias de identificação de espécies, onde o território brasileiro foi dividido em sete regiões definidas por análises de dissimilaridade dos agrupamentos naturais das espécies monitoradas, buscando evidenciar as grandes descontinuidades de suas distribuições.