O trabalho do Instituto Terra Brasilis é baseado em cinco linhas principais de atuação: Conservação da Biodiversidade, Áreas Protegidas, Uso Sustentado de Recursos Naturais, Educação Ambiental e Planejamento e Políticas Públicas. Atua também, além dos projetos de menor porte, através de dois programas: o Programa Pato Aqui, Água Acolá, que abrange as áreas de conservação da biodiversidade, educação ambiental, áreas protegidas e planejamento e políticas públicas, e o Programa Exposições, que abrange as áreas de educação ambiental e áreas protegidas.